BioEdit免費版(分子生物學應用軟件,) v7.0.9.0 官方版

對於進行分子生物學研究的朋友來說,經常需要對各種分子序列進行對比分析,小編為大家帶來BioEdit免費版!它是一款功能非常強大的分子生物學應用軟件,它可以輕鬆完成核苷酸序列和蛋白質序列進行所有常規的分析操作.同時提供了很多網絡程序的分析界麵和接口,大大提高工作效率,喜歡就來下載BioEdit免費版吧!

BioEdit免費版功能介紹:

手動對齊的四種模式：選擇和滑動、動態抓取和拖動、鼠標單擊的間隙插入和刪除、以及像文本編輯器一樣的屏幕上打字。

在顏色對齊和編輯與單獨的核酸和氨基酸顏色表和全麵控製背景顏色。

基於動態信息的對齊陰影。

點選彩色表編輯

顯示和打印具有專業外觀輸出的ABI色譜圖。

將序列分組為組或家庭。

用於同步手對齊調整的分組序列的鎖定對準。

在對齊窗口中用動態視圖注釋圖形序列，包括特征注釋信息工具提示。

鎖定序列以防止意外編輯。

指定在氨基酸和核苷酸序列中被認為有效的字符。

在選定的列中按名稱、軌跡、定義、加入、PID / NID、引用、注釋或剩餘頻率排序序列。

通過引用序列合並對齊。

將一個對齊方式附加到另一個結尾。

基本係統發育樹查看器（用於PHYLIP格式樹），允許節點翻轉和打印。

在單序列編輯器中口頭讀取序列，以驗證手寫類型的序列條目。

讀寫GenBank、FASTA、PHYLIP 3.2、PHYLIP 4和NBRF/PIR格式。現在還讀取GCG和Clustal格式

利用Don Gilbert的RealSeq自動導入和導出11種附加格式，包括MSF、ASN.1、IG/Stanford和Enbl。

允許直接從剪貼板導入兼容格式，而不必先保存到文件中。

編輯器窗口的快捷菜單的自定義定製

RNA對比分析，包括協變、潛在配對和互信息分析（目前能夠產生矩陣多達10000×10000 -但這將是一個600 + MB文件）矩陣繪圖儀的2-D矩陣輸出表和麵積繪圖的個別行的數據M阿特裏克斯矩陣繪圖儀和線圖都有點和點的數據選擇，矩陣繪圖儀和矩陣數據的一維線圖現在是動態鏈接的。

用繪圖儀查看非常大的矩陣的截麵（測試到5183×5183矩陣＝180 MB文件）

查看和操作對齊多達20000個序列。

二進製文件格式（BioEdject項目格式）用於快速打開和保存大排列——原核16S rRNA比對（29 MB文件）的6205個序列在233 MHz奔騰下不到10秒打開和保存。

用戶自定義偏好的ORF搜索

帶密碼子使用的核酸序列的格式化翻譯，選擇一個或三個字母的氨基酸編碼，僅選擇核酸的區域的翻譯，以及起始/終止密碼子的選擇

用於同步和同步編輯同一文件中的兩個不同位置的拆分窗口視圖——垂直或水平分割窗口

氨基酸和核苷酸組成分析及繪圖

通過氨基酸翻譯對齊蛋白質編碼核酸序列。

CulsSTW多序列比對（接口內部，外部程序由DES希金斯et al.）與對齊的蛋白質全標題和GenBank字段信息的自動更新，以及核苷酸序列編碼時，從蛋白質序列的核苷酸序列。

蛋白質疏水性/親水性圖

蛋白質疏水矩矩陣圖（0～180）

在編輯窗口中可供選擇的係統字體

限製或任何框架翻譯，多酶選擇和輸出選項，循環DNA能力

製造商瀏覽限製性內切酶

長度至少4.6 Mb的序列可以被操縱（迄今為止測試的最大序列是大腸杆菌基因組（4.6 MB）——大腸杆菌被打開，反向互補，翻譯成10125個密碼子延伸＞100個氨基酸，並以完整的GenBank注釋打開和保存）。

六個框架翻譯，能夠對整個基因組進行原始翻譯（用大腸杆菌基因組測試，約4.6 MB）。

保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項目文件格式中。

通過BIGEDGE圖形應用配置接口配置和運行附件應用程序。

BioEdit免費版使用方法:

開啟Bioedit軟件，FileOpen，開啟上述比對後的fasta文件，即本例的123.fasta。模式(Mode)選擇Edit，Overwrite;選擇修改模式為右鍵插入，即I圖標。對序列堿基進行編輯。刪除序列使用鍵盤上的-鍵。編輯完成後，刪除參考序列文件。

拚接教程：

在BioEdit中開啟一個序列

而後將序列上方的一個菜單：Mode下拉式菜單改為Edit，將光標移動到序列的最末端，從粘貼板上粘貼你要增加的第二個序列就OK了。這樣三個序列都前後連接到一起了。

這需要一個一個來，十分麻煩。Mega5軟件支持將比對後的序列一下子全部放到此外一個比對後的序列後麵。因此在序列連接(或拚接)中，用Mega5比BioEdit更好。要注意的是使用Mega5做連接時，要選擇Edit/Build alignment，不能是Edit/view選項，不然不能編輯。

文件輸出：

點擊FileSave As，保存為fasta格式，本例保存為123.fasta，覆蓋舊文件。