網絡分析軟件(Cytospace)v3.8.0官方版

Cytoscape是一款生物信息分析軟件，可以昂幫助您在分析生物數據的時候提供圖形化的操作方式，該軟件提供了六個圖形數據作為案例，打開軟件就可以看到模型圖，點擊圖形可以將內置的數據顯示，支持在案例中編輯新的數據列表，可以將數據通過網格的方式分析；本次提供的是Cytoscape(生物信息分析軟件)3.6.1 官方版，此版本的 Cytoscape 基於新的3.x 體係結構、開發人員 API 和建立的用戶控件集，如果你熟悉以前版本的 Cytoscape軟件，那麼使用新版會讓您得到更多擴展方案，讓您在熟悉的界麵繼續編輯數據！

【軟件特征】

支持多種標準

Cytoscape支持很多標準的網絡和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導入由其他應用程序或電子表格程序生成的數據文件，如表達譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節點、邊和網絡上的任意屬性。例如，為您的蛋白質輸入一組自定義注釋術語，為您的蛋白質-蛋白質相互作用創建一組置信值。

公共數據庫客戶端

Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數據庫，導入網絡和注釋數據。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數據庫，並導入網絡和注釋數據。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續為熱門數據庫開發新的服務客戶端。

互操作性

由於Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數據，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，並以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創建網絡，應用布局，或圖像導出。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數據文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性(節點/邊緣/網絡)、桌麵狀態(選擇/隱藏節點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態和可視化風格。

布局

在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似於其他圖形應用程序用戶界麵的手動布局工具。

圖像導出

您可以將網絡導出為可發布的高質量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像（PDF和PS）可以通過其他應用程序（如Adobe Illustrator）進行修改，以進一步增強。

VizMapper

使用強大的VisualStyles自定義網絡數據顯示。在網絡上查看基因表達比和p值的疊加。  表達數據可以根據用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。

ɸѡ

過濾網絡，以根據當前數據選擇節點和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據基因表達數據加載的p值，選擇參與交互的閾值數量的節點、共享特定GO注釋的節點，或在一個或多個條件下基因表達水平發生顯著變化的節點。您可以從過濾結果中創建新的網絡。

檢索

從搜索窗口搜索目標節點和邊。Lucene語法支持任意複雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網絡。使用網絡管理器可以輕鬆組織多個網絡。而且這種結構可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕鬆瀏覽大型網絡。通過高效的渲染引擎輕鬆瀏覽大型網絡（100,000+節點和邊）。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網絡/途徑模塊。根據基因表達數據對網絡進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網絡，其基因表現出特別高的差異表達水平。 每個子網絡中包含的相互作用為控製觀察到的表達變化的調控和信號傳導相互作用提供了假設。在任何加載到Cytoscape中的網絡中找到簇（高度相互連接的區域）。根據網絡的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質-蛋白質相互作用網絡中的簇已被證明是蛋白質複合物和途徑的一部分。蛋白質相似性網絡中的簇代表蛋白質家族。

應用管理器和應用商店

可用於網絡和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數據分析、導入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝（這是Cytoscape 3的一個功能）。

【軟件功能】

　　1、支持多種分析方式，可以選擇分析網絡。

　　2、支持分析節點的子集、批次分析、加載網絡統計信息

　　3、繪製參數、從統計信息生成樣式

　　4、使用可擴展對話框界麵顯示網絡統計信息

　　5、在節點表中存儲節點參數、在邊緣表中存儲邊緣參數

　　6、明亮的顏色映射標準 ameters、暗色映射標準 ameters、中間顏色映射標準 ameters

　　7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 網絡瀏覽器

　　8、合並流程、作業狀態監視器、命令行對話框、執行命令文件

　　9、選定的節點、帶有選項的選定節點、命令行參數

　　10、Cytoscape 的快速遊覽、創建網絡、嵌套網絡

　　11、支持的網絡文件格式、節點和邊列數據

　　12、風格、應用程序管理器、命令工具、渲染引擎、導出數據

　　13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自動化

【軟件特色】

　　Cytoscape使用可縮放的用戶界麵來導航和查看網絡。ZUIs使用兩種導航機製:縮放和平移。縮放根據用戶想要看到的內容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

　　節點和邊緣列數據

　　交互網絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結合在一起時，它們對於回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節點、邊緣和網絡信息作為節點/邊緣/網絡數據列添加到Cytoscape中

　　Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數據庫導入數據。另一個應用程序可以提供一種分析網絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之後安裝應用程序。大多數應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發的。

　　如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。

【更新日誌】

Cytoscape 3.8是Cytoscape桌麵版，更新了用戶界麵和渲染引擎。

更快的渲染速度

提高了渲染性能，並優化了與大型網絡的交互。Cytoscape現在為多達10,000個節點和3,000,000條邊的網絡提供了交互式用戶體驗。

新的麵板選項

你的Cytoscape工作空間現在可以通過新的工作空間麵板係統來定製你的可用屏幕空間。麵板現在可以最小化，設置為浮動，或停靠在工作空間中。

自定義工具欄

您現在可以選擇項目何時出現在工具欄中，減少雜亂無章的情況，並讓您快速訪問最常用的工具。

更新的分析器應用程序

網絡分析器的核心應用程序已經重新設計。改進了用戶界麵，並增加了對Cytoscape自動化的支持，以便於從腳本和分析工作流中訪問。

標簽重新定位工具

現在可以在網絡視圖中快速直觀地定位標簽。

CyBrowser JavaFX更新

CyBrowser，Cytoscape 的網頁瀏覽器，已經更新為使用 JavaFX 13。CyBrowser現在與現代網頁和應用程序有更大的兼容性。

支持Java 11

Cytoscape與Java 11兼容，與最新的Java支持保持一致。Cytoscape 捆綁了一個 AdoptOpenjdk JVM。

CyNDEx-2更新

CyNDEx-2已更新為支持Swing用戶界麵，顯著減少了啟動時間並提高了穩定性。

CX支持更新

對CX數據交換格式的支持不斷完善，促進了Cytoscape桌麵和其他生態係統組件之間網絡數據的可靠傳輸。