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BIO-RAD CFX Maestro是一個化繁為簡的BIO-RAD定量PCR數據處理大師,軟件能夠操作所有CFX係列實時定量PCR儀,進行實驗設置、儀器操作和數據分析,軟件全麵整合了數據采集、統計學分析(t- 檢驗、方差分析)和用於出版發表的結果導出功能,為實時定量 PCR 儀實驗提供了一站式的解決方案。
背景簡介:
肌萎縮性脊髓側索硬化症(amyotrophic lateral sclerosis,ALS),俗稱“漸凍人”,是一種運動神經元疾病,病人表現出因上運動神經元和下運動神經元變性所致的肌無力、肌萎縮等症狀。為研究其是否存在細胞自噬的病理,研究者將ALS患者和其他非ALS類型包括包涵體肌炎(inclusion body myositis,IBM,一種慢性炎症性肌病)樣本等進行比較。觀察ALS病理的一種已知標誌物磷酸化TAR DNA結合蛋白43(pTDP-43)以及調節細胞自噬的P62蛋白的特異性表達情況。除用到免疫組化、免疫熒光的方法外,研究人員也對這兩種蛋白對應的基因TARDBP 和SQSTM1 進行了qPCR實驗分析比較,以下是具體的過程。
樣本設置:
ALS樣本組——ALS1-ALS5共5個生物學重複;
IBM樣本組——IBM1-IBM3共3個生物學重複;
陰性對照組——MSC1-MSC3共3個輕微神經源性肌萎縮樣本生物學重複;
空白對照——1個無模板對照
基因設置:
2個目的基因——TARDBP,SQSTM1;
2個參考基因——GAPDH,RPS18;
所用到的染料法引物對均來自於Bio-Rad提供的PrimePCR Assay。
板麵布局:
12個樣本×4個基因,1個96孔板做2個重複,共做2個96孔板(即2個批次實驗,各4個技術學重複)。
數據分析方法:
將TARDBP 和SQSTM1 表達用兩個參考基因(GAPDH,RPS18)進行均一化,兩組患者分別與對照組進行相對均一化基因表達比較,顯著性檢驗采用非配對t 檢驗。